政府開発援助（ODA）に対する 国民の理解と支援を得る上で、国民の幅広い層が国際協力に参加する国民参加型援助、すなわちNGOとの連携が重要であるとの考えの下、外務省としては、 ODAの政策立案や事業実施にNGOの人材やノウハウをいかすとともに、各NGOへの資金協力、活動の質や幅を深めるためのNGOの専門性や運営能力の強化に力を入れている。
日本のNGOが多く活躍する開発途上国では、大使館関係者、国際協力機構（JICA）、国際協力銀行（JBIC）及びNGO関係者がODAの効率的・効果的実施を協議する「ODA大使館」制度が２００２年度から開始され、 これまでにカンボジア、バングラデシュ、ケニア等１３か国で実施されている。
資金協力では、従来のNGO事業補助金、草の根無償資金協力に加えて、２００２年度に日本NGO支援無償資金協力（注３）及び草の根技術協力（注４）を新設した。２００６年度予算はそれぞれ２８．５億円、１９．９億円で設立当初の２０億円、１０．９億円に比べ増加している。２００６年度の日本NGO支援無償資金拠出額は１６か国３４件で７億円（２００６年１２月末現在）となっており、学校の再建や医療協力、母子保健、被災者支援、農村開発、地雷・不発弾除去等の事業が行われている。
▲騒乱直後に東ティモールのバイロピテ診療所で診療にあたる（特活）シェア＝国際保健協力市民の会の医師（平成１８年度日本NGO支援無償資金協力事業）
（写真提供：（特活）シェア＝国際保健協力市民の会）
また、津波や地震のような大規模自然災害や地域紛争の際にNGOが迅速に緊急人道支援活動を行えるように、２０００年８月にNGO、政府、経済界 が協力してジャパン・プラットフォーム（JPF）を設立した。現在２４のNGOが参加しており、２００４年末のスマトラ沖大地震や２００５年のパキスタン 等大地震の際に活躍した。２００６年度はレバノン、東ティモール及びスーダンで国内避難民支援を行っている。
一方、日本のNGOの多くは、主要先進国と比べ財政的・組織的基盤が脆弱であることから、専門性や組織運営能力の強化が必要であり、外務省やJICA、国際開発高等教育機構（FASID）が、様々なプログラムを実施している。外務省では２００６年度、復興時の教育支援、ネットワークNGO、ファンドレイジ ング、プロテクション（援助の受益者の法的、社会的、物理的保護）の４つのテーマでNGO研究会を開催したほか、海外NGO等と共同でアフリカの貧困問題 に関するセミナーも行った。また、NGO相談員（国民、NGOの相談先として政府が委嘱）を１７名配置して各種照会に対応したほか、NGO専門調査員 （NGOの専門性を高めるためNGOに派遣する者）１１名を１１団体に派遣した。
外務省は、１９９６年以来、年４回のNGO・外務省定期協議会を、２００２年度から全体会議（年１回）、ODA政策協議会と連携推進委員会の２つの小委員会（各年３回）に改編し、NGOとの対話にも努めている。２００２年１１月にはNGO担当大使を設置し、NGOと外務省の意見交換・情報交換の際の双方の橋渡し役を務めるとともに、NGOとの対話や協力が求められる国際会議等の場でのNGOへの協力を行っている（注５）。
▲アフガニスタン・ナンガルハール県の県都ジャララバード市で運営する子ども図書館にて活動する（社）シャンティ国際ボランティア会の日本人スタッフ（平成１８年度日本NGO支援無償資金協力事業） （写真提供：（社）シャンティ国際ボランティア会）