２月には、台湾当局が「国家統一委員会の運用停止」と「国家統一綱領の適用停止」を発表 （注５１） し、これに対し日本は、平和的解決のための当事者間の対話が早期に再開されることを強く希望し、いずれかの側によるいかなる一方的な現状の変更の試みも支持できないとの立場を表明した。

　台湾内では、陳水扁総統及びその周辺の不正疑惑を受け、野党側の３度にわたる総統罷免案の提出（いずれも否決）や総統の辞任を求める大規模な抗議活動が行われる等、民進党政権に対する批判が強まった。１２月に行われた台北・高雄市長選挙においては、国民党候補者が台北市長に当選する一方、民進党候補者が高雄市長のポストを死守した。経済面では、日本の新幹線システムを一部導入した台湾高速鉄道（台北－高雄）が２００７年１月に一部を除き開通した。なお、２００６年の年間成長率は４．６２％、２００６年１２月の失業率は３．８１％だった。

　日本との関係については、１９７２年の日中共同声明に従い、非政府間の実務関係として維持されている。日本にとって台湾は緊密な経済関係を有する重要な地域であり、台湾は米国、中国、韓国に次ぐ第４位の貿易相手先となっている。人的往来の面では、２００５年以降、台湾居住者に対し短期滞在査証が免除されており、２００６年の台湾から日本への訪問者数は約１３５万人、日本から台湾への訪問者数は約１１６万人となった。