銅等の鉱物資源の重要な供給国であるチリとの間では、２月に交渉を開始し、９月には大筋合意に至った。インドネシアとの間では、２００５年７月に交渉を開始し、２００６年１１月に大筋合意に至った。また、インドネシアとの協定では、日本のEPAで初めてエネルギー・鉱物資源章が設けられることとなった。さらに、ブルネイとの間では、６月に交渉を開始し、１２月に大筋合意に至った。

　なお、タイとの間では、既に協定文言を確定させている（大筋合意は２００５年９月）。