ASEAN各国との二国間交渉と並行して、ASEAN全体との包括的経済連携協定の交渉も進めている。２００７年１月の日・ASEAN首脳会議で、２００５年４月の交渉開始から２年以内に可能な限り早期にまとめるとの決意を確認した。

　同じく複数国を相手とする協定では、GCCとのFTA交渉開始を決定し、４月にスルタン・サウジアラビア皇太子が来日した際の日・サウジ共同声明において歓迎の意を表明した。その後、５月の準備会合を経て、９月に東京で第１回交渉会合を開催した。