エジプトでは、前年に引き続き２００６年も政治改革に取り組み、２００７年中の憲法改正を目指して人民議会での審議が始まった。また、民間人を含む改革派の人材を登用したナズィーフ内閣は、各種改革や投資誘致に向けた経済改革を継続した。４月にシナイ半島の観光地ダハブで起きたイスラム過激派による３件の連続爆破テロ事件後、人民議会が非常事態法を６月から２００８年５月まで延長した。外交面では、域内の大国として、中東和平、イラク問題、スーダンなどの地域問題の解決に向けた努力を継続し、ムバラク大統領をはじめとする政府要人の外国訪問や外国要人のエジプト訪問が２００６年中に多数行われた。また、アブルゲイト外相が５月に訪日し、小泉総理大臣、麻生外務大臣と会談した。

　アラブとアフリカの顔を持つ北アフリカ・マグレブ地域のうち、モロッコ、チュニジア及びスーダンは、２００６年に日本との外交関係樹立５０周年を迎え、ベナイッサ・モロッコ外相（６月）、アブダッラー・チュニジア外相（７月）、アコル・スーダン外相（１１月）が訪日したほか、両国において様々な記念文化事業が開催された。

　２００３年１２月の大量破壊兵器計画の廃棄以降、リビアと日本の関係も進展しており、８月には、松田内閣府特命担当大臣が、日本の現職閣僚として初めてリビアを訪問し、カダフィ指導者と会談した。

　経済関係においては、日本の企業連合が、アルジェリア東西高速道路プロジェクト東工区（予算規模約５，４００億円）を落札し、また、リビア新規石油鉱区を日本企業が落札する等の動きが見られた。