日本との間においても２００６年は活発な要人往来等を通じてASEAN諸国との関係が強化された。特に、安倍総理大臣就任後３か月間に、ベトナムのズン首相及びインドネシアのユドヨノ大統領が来日し、また、安倍総理大臣がフィリピンを訪問するなど、活発な首脳外交が展開された。
ASEANが、普遍的価値の共有を基礎として統合を進め、民主的で安定・繁栄した地域となっていくことは、東アジア全体の利益になるという基本的考え方の下、日本はASEAN統合を積極的に支援している。２００５年１２月の第９回日・ASEAN首脳会議で小泉総理大臣が拠出意図を表明した日・ASEAN統合基金（７５億円）は、２００６年３月に設置された。５月には、同基金を活用して、５０万人分の抗インフルエンザ剤等の備蓄を含む、大規模な鳥インフルエンザ対策事業が立ち上げられた。さらに、２００７年１月の第１０回首脳会議では、安倍総理大臣から、日・ASEAN経済関係の強化を目的として、約５８億円の新たな協力を表明した。
貿易、投資、経済協力の面でも、日本はASEANにとって最大の域外貿易相手国、投資国、ODA供与国であり、日本にとってもASEANは最も重要な貿易・投資パートナーの一つとなっている。特に、EPAについては、７月にマレーシアとの協定が発効し、９月にはフィリピンとの間で協定に署名した。２００７年１月には、ベトナムとの間でEPAの第１回交渉会合を開催し、２００６年１１月にはインドネシア、１２月にはブルネイとの協定について、各々大筋合意に至った。さらに、日本とASEAN全体の更なる経済発展を目指し、交渉開始から２年以内の可能な限り早期に日・ASEAN包括的経済連携協定の交渉を終えるよう努力することが首脳間で確認されている。
