（イ）東部地域
エチオピアでは、５月の国政選挙の結果、メレス首相が３選を果たした。エチオピア・エリトリア国境問題では、１０月以降、エリトリアが停戦監視等を任務とする国連エチオピア・エリトリア・ミッションの活動に制限を課したため緊張が高まった。１９９１年以降、無政府状態が続くソマリアでは、１月に暫定連邦政府が樹立された。ケニアでは、１１月に憲法改正国民投票が否決されたことを受けて大統領が一時全閣僚を解任した。タンザニアでは、１２月に大統領選挙が実施され、キクウェテ新大統領が選出された。ウガンダでは、北部地域における反政府勢力の活動は沈静化しつつあるが、依然として１６０万人を超える難民・国内避難民が存在している。ケニア、タンザニア及びウガンダの三国間では、東アフリカ共同体（EAC）の下、１月に関税同盟が正式に発効した。
（ロ）南部地域
アンゴラは１０月に独立３０周年を迎えた。スワジランドでは、１９７３年以来憲法が停止されていたが、２００５年７月に国王が新憲法草案を承認し、２００６年２月に発効した。南アフリカでは、６月にズマ副大統領の元側近が贈賄及び詐欺容疑で有罪判決を受けたことにより、ムベキ大統領は、事件への関与が取りざたされていた同副大統領を解任した。ジンバブエでは、３月に国民議会選挙が実施され、与党が圧勝したが、欧米諸国は「自由かつ公正」な選挙プロセスが確保されなかったとの厳しい評価を下した。同国では５月には「ゴミ片づけ作戦」と称する不法居住区の建造物の撤去が行われるなど引き続き国際社会との緊張関係が続いている。
（ハ）中部地域
コンゴ民主共和国では、和平合意に基づき２００６年６月末までに議会・大統領選挙を実施することになっており、その第一歩として１２月に国民投票によって新憲法が採択された。ブルンジでは、議会選挙、大統領選挙が行われ、ンクルンジザ大統領政権が成立し、１９９３年に勃発した内戦からの平和的移行が完了した。ガボンでは１１月に大統領選挙が行われ、現職のボンゴ大統領が再選され、１９６７年の就任以来、アフリカの現職大統領の中で最長の任期（７期、３９年目）を務めることとなった。中央アフリカではクーデター後初の議会選挙、大統領選挙が行われ、ボジゼ暫定大統領が６月に正式に大統領に就任した。チャドではスーダン国境付近で反政府活動が活発化し、スーダンとの関係悪化を含め、２００６年に予定されている大統領選挙に向け政治的不安定要素が増加している。
（ニ）西部地域
従来紛争が多発していた西部地域は平和の定着に向け、一進一退の一年だった。２００４年１１月以来情勢が悪化していたコートジボワールでは、AU及び国連の調停を受け、１０月に任期を満了したバグボ大統領が最大１２か月元首にとどまることになったものの、１２月にバニー新首相が就任し、和平プロセスを引き続き進展させることとなった。２月のトーゴにおけるエヤデマ大統領死去に伴う内政混乱は大統領選挙の実施により、８月のモーリタニアにおけるクーデターも民主化プロセス進展により、いずれも沈静化している。１０月から１１月には、リベリアで大統領・議会選挙が平和裡に実施され、２００６年１月にジョンソン・サーリーフ女史がアフリカ初の民選女性大統領として就任した。このほか、暫定政権下だったギニアビサウでも７月の大統領選挙で選出されたヴィエイラ大統領就任により正式に政権が発足、１１月にはブルキナファソで大統領選挙が実施され、現職のコンパオレ大統領が再選された。
