日本インドネシア友好年では、政府間だけでなく、幅広い国民の参加を得た事業を行うことが目的とされ、また、その実施を円滑に進めるために、両国において実行委員会が発足しました。インドネシア側では、2007年6月22日、ラフマッド・ゴーベル・インドネシア日本友好協会理事長を委員長とし、インドネシア政府、インドネシア日本友好協会、ジャカルタ・ジャパン・クラブ、在インドネシア日本国大使館等を中心に「インドネシア・日本国交樹立50周年記念実行委員会」が発足しました。日本側では、2007年7月25日、興津誠日本・インドネシア経済委員会委員長（帝人株式会社顧問役）を委員長とし、インドネシアとの関係の深い企業、公益法人、地方自治体関係者をメンバーとする「日本インドネシア友好年実行委員会」が発足しました。
これらの実行委員会は、互いに連携しながら、両国で実施された事業について、基本方針等の策定、広報活動を行った他、友好年事業の募集及び認定等を行いました。
