日本政府は、ODA大綱の援助理念にのっとり、国際連合憲章の諸原則（特に、主権、平等および内政不干渉）や以下の援助実施の原則を踏まえ、開発途上国の援助需要、社会経済の状況、二国間関係などを総合的に判断した上でODAを実施しています。
（1）環境と開発を両立させる。
（2）軍事的用途および国際紛争助長への使用を回避する。
（3）テロや大量破壊兵器の拡散を防止するなど国際平和と安定を維持・強化するとともに、開発途上国はその国内資源を自国の経済社会開発のために適正かつ優先的に配分すべきであるとの観点から、開発途上国の軍事支出、大量破壊兵器・ミサイルの開発・製造、武器の輸出入などの動向に十分注意を払う。
（4）開発途上国における民主化の促進、市場経済導入の努力ならびに基本的人権および自由の保障状況に十分注意を払う。
●具体的な運用について
援助実施の原則の具体的な運用に際しては、一律の基準を機械的に適用するのではなく、相手国の様々な事情やその他の状況を総合的に考え、案件ごとの事情に応じて判断することが重要です。また、開発途上国の国民への人道的な配慮も必要です。日本が援助実施の原則を踏まえ、援助の停止や削減を行う場合、最も深刻な影響を受けるのは援助を受ける側の一般国民、特に貧困層の人々です。したがって、援助を停止・削減する場合でも、緊急的・人道的支援の実施については、特別な配慮が求められます。
●環境や社会への配慮
経済開発を進める上では、環境への負荷や現地社会への影響を考慮に入れなければなりません。日本は、水俣病をはじめとする数々の公害被害の経験を活かし、ODAの実施に当たっては環境への悪影響が最小化されるよう、慎重に支援を行っています。また、開発政策によって現地社会、特に貧困層や女性、少数民族、障害者などの社会的弱者に望ましくない影響が出ないよう配慮しています。たとえば、JICAは2010年4月に新環境社会配慮ガイドラインを発表し、事前の調査、環境レビュー（見直し）、実施段階のモニタリング（目標達成状況の検証）などにおいて、環境社会配慮を確認する手続きを行っています。
また、日本は、「開発におけるジェンダー主流化」の推進のため、政策立案、計画、実施、評価のすべての段階にジェンダーの視点を取り入れていく方針をとっています。
●軍事的用途および国際紛争助長への使用の回避
ODAが開発途上国の軍事的な用途や国際紛争の助長目的で使用されることを回避するために、日本は開発途上国の軍や軍人を直接の対象とするODAは実施していません。
日本はテロとの闘いや平和構築に積極的に貢献していますが、日本の援助物資や資金が軍事目的に使われることを避けるため、たとえテロ対策などのためにODAを活用する場合でも、援助実施の原則を十分に踏まえて行っています。
●民主化の促進、基本的人権、自由の保障のための対応
開発途上国において政治的な動乱後に成立した政権には、民主的な正統性に疑いがある場合があり、人権侵害に歯止めをかけるはずの憲法が停止されたり、住民の基本的人権が侵害される懸念が生じることがあります。また、反政府デモが多発している開発途上国においては、政府による弾圧が行われ、住民の基本的人権の侵害が懸念される場合もあります。このような場合、日本は、ODAが適正に使われていることを確認すると同時に、開発途上国の民主化状況や人権状況などに日本として強い関心を持っているとのメッセージを相手国に伝え、ODAによる支援に慎重な対応を取ることとしています。
ミャンマー ：従来日本は、ミャンマーに対する経済協力について、民主化および人権状況の改善を見守りつつ、民衆が直接恩恵を受ける基礎生活分野（BHN）の案件を中心にケース・バイ・ケースで検討の上、実施することとしていましたが、2011年以降、政治犯の釈放、テイン・セイン大統領とアウン・サン・スー・チー氏との直接対話、少数民族武装勢力との停戦等の措置がミャンマー政府によってとられたこと、2012年4月1日の議会補欠選挙の結果、アウン・サン・スー・チー氏を含む幅広い関係者の政治参加が実現したこと、複数為替制度の廃止をはじめとする経済改革の進展などを踏まえ、同国に対する経済協力方針を変更し、また、本格支援再開の前提となる延滞債務問題を包括的に解決する道筋について合意し、4月21日の日ミャンマー首脳会談において表明しました。2013年1月、ブリッジローン（短期のつなぎ融資）を活用した返済や債務免除等により、ミャンマーの世界銀行・アジア開発銀行(ADB)お よび日本に対する延滞債務が解消され、日本による円借款供与は26年ぶり、世銀・ＡＤＢによるミャンマーに対する本格支援が30年ぶりに再開されることになります。新たな経済協力方針の下では、ミャンマーの民主化および国民和解、持続的経済発展に向けて、急速に進む同国の幅広い分野における改革努力を後押しするため、引き続き改革の進捗（しんちょく）を見守りつつ、民主化と国民和解、経済改革の配当を広範な国民が実感できるよう、以下の分野を中心に支援を実施することとしています。
（1）国民の生活向上のための支援（少数民族や貧困層支援、農業開発，地域開発を含む）
（2）経済・社会を支える人材の能力向上や制度の整備のための支援（民主化推進のための支援を含む）
（3）持続的経済成長のために必要なインフラや制度の整備等の支援
シリア ： 2011年3月からシリア国内各地で反政府デモが発生し、シリア治安当局がデモ隊に対し、武力により押さえ込む事態となりました。日本は、シリア政府が、民間人への暴力を直ちに停止し、国民が求める政治、経済などの面における様々な改革を早急に実施し、国内の安定を回復することを強く求めました。この立場から、同国に対しては、緊急・人道的な援助を除き、新規の経済協力の実施を見合わせることにしています。