効率的・効果的な援助を実施するためには、関係省庁間の連携のみならず政府と援助実施機関との間で、一体感を持って有機的な連携の下援助を行うことが重要です。
　 政府においては、海外経済協力会議における議論等を通じ、国・地域や分野ごとに明確な戦略を設けるとともに、国別援助計画等の策定を通じ、よりメリハリのある国際協力の企画・立案を進めています。
　 外務省は、海外経済協力会議の議論の結果や、それに基づいて外務省が作成する年度ごとの重点方針を実施機関に伝達し、迅速に援助の実施に反映できるよう実施機関との連携を図っています。
　 政府が策定した戦略・政策にのっとり、新JICAが援助を機動的かつ迅速に実施するための体制づくりが必要です。そのため、3つの援助手法の特色を十分にいかしつつ、それらを有機的に組み合わせて実施するための新たな組織・業務手順を構築しています。外務省、JICA、JBICは、2006年度から共同で制度設計を進めています。
　 制度設計の際には、「総合的な援助機関にふさわしい新たな体制と組織文化の創造」を統合のねらいとし、統合の際の三原則として掲げている「効率性・機動性」、「相乗効果」、「一体感」に従って、新時代の国際協力実施の担い手にふさわしい組織づくりを行っています。