ユドヨノ政権は、高い世論の支持を背景に、汚職、テロ対策に重点を置きつつ、持続的かつ安定的な経済成長や投資環境等の経済改革に取り組んだ。また、アチェ分離独立問題では、２００５年８月の「独立アチェ運動（GAM）」との和平合意を受け、２００６年８月にアチェ統治法を施行し、１２月１１日に首長選挙が実施されるなど、アチェ和平を着実に進展させている。このような中、ユドヨノ大統領は、１１月末に安倍新内閣発足後初めての国賓として日本を訪問した。その際、両国首脳による共同声明「平和で繁栄する未来へ向けての戦略的パートナーシップ」を発出し、両国の強固なパートナーシップとその強化を確認するとともに、日・インドネシア経済連携協定の大筋合意を確認した。