外務省は、年度ごとの国際協力重点方針等、各種政策をODAの実施に速やかに活かすことができるよう、実施機関であるJICAとの連携を図っています。
2008年10月には、技術協力の実施と無償資金協力の実施促進を担ってきたJICAと、円借款など有償資金協力の実施を担当していた国際協力銀行（JBIC）の海外経済協力部門が統合され、新JICAが誕生しました。外務省が実施してきた無償資金協力の実施業務の一部もJICAに移され、JICAは技術協力、有償資金協力、無償資金協力という3つの援助手法を一元的に実施する総合的なODAの実施機関となりました。