1996年、中国・ロシア・カザフスタン・キルギス・タジキスタンの５か国が上海で首脳会議「上海ファイブ」を開始。以後、毎年１回持ち回りで首脳会議を開催。当初は主として国境地域における軍事分野での信頼醸成の場であったが、1998年以降は政治・安保・経済・文化等広範な協議が行われている。2001年の会議でウズベキスタンが加盟すると同時に上海ファイブは発展的に解消され、「上海協力機構」が新設された。機構事務局は北京に設置。2002年６月、サンクトペテルブルクで首脳会議を開催。アジアでの不拡散やインド・パキスタンの政治対話再開などを呼びかける政治宣言と、常設機構としての位置づけを明確にする憲章を採択し、テロへの共同対処を目的とする反テロセンター（キルギス・ビシュケク）の新設を決めた。